• 候选案例:习酒·我的大学 2019-04-25
  • 山西拨付2.7亿元资金支持全省七大河流生态修复治理 2019-04-22
  • 王开玺:火烧圆明园的是英国人 2019-04-18
  • 2018年两会第四场“部长通道” 2019-04-18
  • 中国对外投资连续7个月增长 “一带一路”相关国家投资成亮点 2019-04-15
  • В Пекине закрылась первая сессия ВСНП 13-го созыва 2019-04-10
  • 纽约餐饮业“拥抱”球迷商机 2019-04-10
  • [大笑]当然要付钱,你占用属于大家的资源,那怕是一根针都要付钱! 2019-04-09
  • 70年正青春,不停步向未来(评论员观察) 2019-04-09
  • 以为后爹会对他好!呵呵 2019-03-30
  • 北京高能时代环境技术股份有限公司获第十二届人民企业社会责任奖年度环保奖 2019-03-25
  • 你爱看的极简艺术史:5分钟一览中华书法四千年 2019-03-25
  • 广东警方摧毁全国首例“呼死你”专案犯罪团伙 2019-03-23
  • 对外投资连续7个月增长(市场观察) 2019-03-17
  • 喀什12个贫困村实现生活垃圾集中处置 2019-03-08
  • 循环游离DNA也能直接建库了[新品推荐]

    【字体: 时间:2016年06月28日 来源:生物通

    时时彩包赢公式0369 www.dvl-c.com 编辑推荐:

      如今,人们通常利用新一代测序(NGS)技术对cfDNA进行高通量分析,看看哪些基因有突变,并根据突变信息来确定下一步的诊疗方案。从理论上说,这是一种简单易懂的方法,不过,血清或血浆中的cfDNA浓度极低,这为测序文库的制备带来了挑战。

    血清或血浆中的游离DNA(cfDNA)正成为无创产前检测(NIPT)或癌症液体活检的焦点。在癌症检测中,人们已发现癌症患者的cfDNA数量和完整性与健康对照不同。这使得cfDNA有望成为癌症诊断、预后和分层的生物标志物。

    如今,人们通常利用新一代测序(NGS)技术对cfDNA进行高通量分析,看看哪些基因有突变,并根据突变信息来确定下一步的诊疗方案。从理论上说,这是一种简单易懂的方法,不过,血清或血浆中的cfDNA浓度极低,这为测序文库的制备带来了挑战。

    为此,QIAGEN开发出一种经过优化的文库制备方案,融合了高效率的接头连接和无偏向的文库扩增,可确?;竦酶卟康挠胖什庑蛭目?,而只需要1 ng cfDNA。制备出的文库可与靶向富集技术相结合,实现灵敏的突变检测。

    流程改进

    cfDNA有两个明显的特征:首先,浓度极低,通常1 ml血浆中只能提取出1-100 ng cfDNA;其次,血浆或血清中的循环DNA大多以短片段存在,在180 bp左右。根据这些特征,GeneRead Library Prep Kit的操作进行了一些修改,省去了片段化的步骤。连接步骤中的接头浓度有所降低,并使用Agencourt AMPure XP纯化反应,去除接头二聚体。

    当然,在制备文库之前,你要先从人类血清或血浆中纯化出游离的DNA和RNA。很多文献都采用了QIAGEN的QIAamp® Circulating Nucleic Acid Kit。它利用硅胶膜选择性地结合目标核酸,可从血浆、血清和其他无细胞体液中高效纯化游离核酸。样品处理量可达5 ml,洗脱体积可在20–150 μl之间灵活选择。

    之后,利用10 μl cfDNA洗脱物,你就可以轻松地建库了。整个流程大约在3小时内完成,而手工操作时间不到30分钟。首先进行末端修复,加A尾,再连接接头。之后利用Agencourt AMPure XP纯化反应,去除接头二聚体。接着是12个循环的文库扩增,纯化后即可得到高质量的NGS文库啦。

    单管操作

    操作过程中需要使用到三个试剂盒:GeneRead DNA Library I Core Kit、GeneRead Adapters以及GeneRead DNA I Amp Kit。这些试剂盒与Illumina的仪器兼容。另外,QIAGEN也提供与Ion Torrent仪器兼容的试剂盒。不过,Agencourt AMPure XP磁珠需要单独购买。

    GeneRead DNA Library I Core Kit包含末端修复、加A尾和连接所需的缓冲液和试剂。与其他的文库制备流程相比,快速的单管操作只需较少的回收步骤,极大程度减少了手工操作可能带来的污染和失误风险,节省时间和人力。

    GeneRead DNA I Amp Kit含有创新的高保真预混液,其中包含用于扩增的GeneRead HiFi Polymerase。GeneRead HiFi Polymerase是独特的、高度特异性的聚合酶,能够准确扩增文库DNA,错配率低,序列偏差小。在标准的PCR扩增中,若DNA序列的AT或GC含量高,则扩增产物可能较少或没有,导致错误的序列数据或NGS测序结果。GeneRead HiFi Polymerase与预混液中独特的配方共同作用,能够确保均一扩增GC含量高的基因组序列,以便在后续的测序实验中获得准确结果。

    优质文库

    QIAGEN曾对文库质量进行评估,发现几乎100%的测序数据(reads)能定位到人类参考基因组,并且近100%是unique reads。高比例的unique reads代表了高的文库转换效率,也代表了文库中高的序列多样性。

    这种cfDNA测序文库与基于杂交的靶向富集相结合,也带来了出色的覆盖度。QIAGEN曾利用xGen® Pan-Cancer Panel,从文库中富集127个突变基因。测序后发现,超过99%的reads都以0.2X平均覆盖度覆盖,而超过90%的reads以0.5X平均覆盖度覆盖。不同位置的目标区域也有着极其相似的平均覆盖度。

    这下,你信心大增了吧。通过GeneRead文库制备的改良操作,即使是浓度极低的cfDNA,也能带来优质、高产的文库。(生物通 余亮)

    了解QIAGEN的cfDNA直接建库方案

    我来说两句
    0  条评论    0 人次参与
    登录 注册发布
    最新评论刷新
    查看更多评论 > >

    订阅生物通快讯

    订阅快讯:

    最新文章

    限时促销

    会展信息

    关注订阅号/掌握最新资讯

    时时彩包赢公式0369 | 今日动态 | 生物通商城 | 人才市场 | 核心刊物 | 时时彩包赢公式0369 | 仪器龙虎榜

    版权所有 生物通

    Copyright© www.dvl-c.com, All Rights Reserved

    联系信箱:

    粤ICP备09063491号

  • 候选案例:习酒·我的大学 2019-04-25
  • 山西拨付2.7亿元资金支持全省七大河流生态修复治理 2019-04-22
  • 王开玺:火烧圆明园的是英国人 2019-04-18
  • 2018年两会第四场“部长通道” 2019-04-18
  • 中国对外投资连续7个月增长 “一带一路”相关国家投资成亮点 2019-04-15
  • В Пекине закрылась первая сессия ВСНП 13-го созыва 2019-04-10
  • 纽约餐饮业“拥抱”球迷商机 2019-04-10
  • [大笑]当然要付钱,你占用属于大家的资源,那怕是一根针都要付钱! 2019-04-09
  • 70年正青春,不停步向未来(评论员观察) 2019-04-09
  • 以为后爹会对他好!呵呵 2019-03-30
  • 北京高能时代环境技术股份有限公司获第十二届人民企业社会责任奖年度环保奖 2019-03-25
  • 你爱看的极简艺术史:5分钟一览中华书法四千年 2019-03-25
  • 广东警方摧毁全国首例“呼死你”专案犯罪团伙 2019-03-23
  • 对外投资连续7个月增长(市场观察) 2019-03-17
  • 喀什12个贫困村实现生活垃圾集中处置 2019-03-08