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  • iPhone供电的纳米孔测序仪有望上市

    【字体: 时间:2016年06月01日 来源:生物通

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      Oxford Nanopore的用户组会议于上周四在伦敦召开。媒体并没有被邀请,不过一些用户和博主已经在Twitter上透露了最新消息。Oxford Nanopore正在开发一款智能手机供电的纳米孔测序仪以及一款低成本的文库制备系统。

    生物通报道 Oxford Nanopore的用户组会议于上周四在伦敦召开。媒体并没有被邀请,不过一些用户和博主已经在Twitter上透露了最新消息。Oxford Nanopore正在开发一款智能手机供电的纳米孔测序仪以及一款低成本的文库制备系统。

    据首席技术官Clive Brown介绍,Oxford Nanopore正在开发一款名为SmidgIon的纳米孔设备。这款设备采用与MinION和PromethIon设备相同的纳米传感技术,但它比MinION更小,每个流动槽中有256个通道。它可以通过充电接口和耳机接口与智能手机或其他移动设备连接,运行4-5小时。

    SmidgIon设备适合各种现场分析,有望应用在疾病爆发时病原体的远程监控,环境样品的现场分析,食品、木材或野生动物的实时鉴定,以及农业环境的实地分析等。此产品有望在2017年第四季度推出。

    Oxford Nanopore的Zumbador项目正在开发另一款简单便携的产品,希望将核酸提取和文库制备融合在一个设备中。在示意图中,这个设备直接插入流动槽。原始样本在一端加入,从另一端出来,可立即用于测序。

    据Brown介绍,第一台PromethIon测序仪已于近期交付给了客户。他展示了该平台的一些内部数据,使用的是48个??榛鞫?,每个含有3,000个通道。利用R9试剂,它的准确性和孔利用率与MinION一致。PromethIon能够在每次48小时的运行内获得高达6.2 Tb的数据,未来有望增加至12.4 Tb。

    此外,带有R7纳米孔的流动槽将不再出售,而是被带有R9纳米孔的流动槽取代。新的流动槽采用更坚固的膜和新的解旋酶马达蛋白。Brown表示,公司在新的流动槽上获得的最长读长达500 kb,目前正致力于提高通量和均聚物检测。

    公司表示,R9带来更高的准确性,特别是对于1D序列,即只读取DNA的一条链。R9流动槽以每秒250个碱基的速度测序,比之前R7的每秒70个碱基有很大提升,因此将大大提高MinION的产量。据Brown介绍,目前1D序列的准确性接近90%,而2D序列则在95%左右。

    随着R9流动槽的上市,Oxford Nanopore还将推出快速测序试剂盒。它的文库制备只需要10分钟,而且需要的耗材比以往更少,在MinION运行开始后立即分析数据。目前,这个试剂盒正被一些早期试用客户测试,将尽快推出。(生物通 余亮)

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